Io ti consiglio di reinstallare tutti i programmi da capo... in ogni caso, premesso che non sono un esperto, proverei con Appcleaner e molta pazienza:
1. Se non ce l'hai già, scarica Appcleaner sulla macchina vecchia e aprilo (è un programma per disinstallare in profondità le applicazioni)
2. Trascina il programma di cui necessiti le preferenze nella finestra di Appcelaner: il programma ti dirà cosa cancellerebbe di questo programma (ti farà vedere il programma nella cartella Applicazioni e le varie preferenze sparse nelle varie librerie del Mac). Naturalmente NON dargli l'ok, altrimenti ti cancellerà tutto quanto.
3. Ora che conosci i percorsi dei file delle varie preferenze, puoi copiartele dal Mac vecchio in posizione analoga sul Mac nuovo
Qui mi sembra parlino proprio di questa procedura, sicuramente saranno più chiari.
Nota: la tua libreria di sistema potrebbe essere nascosta (a seconda del tuo sistema operativo e delle tue impostazioni) quindi per poter copiare alcune preferenze potrebbe essere necessario renderla prima visibile.